Naruto Shippuden es el nombre con que se conoce a la segunda parte de la historia de Naruto , el manga de Masashi Kishimoto . Esta denominación es la que se ha adoptado en el anime , y equivale a la segunda parte del manga .

La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki , ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya . En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto , Orochimaru , ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha , antiguo compañero de Naruto , que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.